Hyakutake dilahirkan di Shimabara, wilayah Nagasaki pada 7 Julai 1950. Beliau telah menamatkan pengajiannya di Sekolah Tinggi Nagasaki-kita Wilayah Nagasaki dan Universiti Kyushu Sangyo di mana beliau mengambil jurusan fotografi.

Pada 1994, Hyakutake berpindah ke wilayah Kagoshima untuk mencari komet.[2] Penemuan pertama beliau setelah berpindah ialah komet Hyakutake (C/1995 Y1) pada 26 Disember 1995.[3] Beberapa minggu kemudian, beliau berjaya menemui komet C/1996 B2 pada 31 Januari 1996 semasa mencari-cari komet C/1995 Y1.[4][5]

Hyakutake meninggal dunia pada 10 April 2002 di Kokubu, Kagoshima pada usia 51 tahun[2] disebabkan aneurisme, yang membawa kepada pendarahan dalaman.[6]